由于實驗室清洗機的超聲波的能量能夠穿透玻璃器皿的內壁和細微的縫隙、小孔、死角，配備不同的車架可以清洗玻璃器皿、試管、燒杯、載玻片、蓋玻片、玻璃吸管、培養皿、三角燒瓶、移液管和其他實驗室器皿清洗。
當被清洗件為精密玻璃器皿、部件或裝配件時，實驗室清洗機往往成為能滿足其特殊技術要求的的清洗方式。
實驗室清洗機清洗操作工藝流程如下：
1、在清洗槽內加入自來水，水位保證高于或等于清洗池內槽高度的3/4，啟動電加熱，同時啟動超聲波進行脫氣，水溫40度左右時加入規定量的超聲波清洗劑，待水溫達到55~60度時開始清洗零部件。
2、將所需清洗的零部件盡量解體，利用高壓水槍、鋼絲刷、鏟刀或其它工具將其零件表面的泥土、重油污及重積炭進行人工輔助預處理，以保證清洗液的使用壽命及清洗速度和效果。
3、將所需清洗的零部件放入清洗池中，擺放不重疊，保證零件*被清洗液淹沒。
4、啟動超聲波，一般定時清洗40~60分鐘，清洗完畢后關閉超聲波，取出零部件進行后處理。
5、利用高壓水槍將零部件表面的殘留物去除，利用空氣壓縮槍將孔道內的殘留物去除。需要防銹的部件另行處理。為提高清洗效果，可在時間允許的情況下，
可適當延長零部件在清洗液中的清洗時間。在實際操作過程中，為提高清洗效率，可以采取隨拆解、隨清洗的工藝流程。
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